دادستانی اتهامات وی را ایجاد و تأسیس حدود ۵۰ شرکت مختلف بازرگانی، کسب اعتبار موهوم از طریق مانورهای متقلبانه، برداشت ۳۸ میلیارد و ۱۰ میلیون ریال به دفعات مختلف و پرداخت آن به اشخاص به عنوان رشوه، جعل اسناد اعلام کرد. تبانی در معاملات دولتی، اغوای مسؤولان بانکها، تسهیل و دریافت ارز، عدم به کارگیری تسهیلات در امر صادرات و واردات و ایجاد رکود در امر صادرات واردات، تهیه پیمان نامه‌های غیرقانونی و اخذ مقادیر قابل توجهی از این طریق از جمله کیفرخواست نماینده مدعی العموم است.

در تاریخ ۲ اسفند ۱۳۸۵ مجتمع ویژه جرائم اقتصادی اعلام کرد که شهرام جزایری در جریان انتقال برای معرفی داراییهایش موفق شده‌است مأموران محافظ خود را فریب داده و بگریزد. دادگاه شهرام جزایری در غیاب وی به کار خود ادامه داد و در ۷ اسفند ۱۳۸۵ او را به ۱۴ سال زندان، ۱۰ سال تبعید، ۱۰ سال محرومیت از فعالیت‌های بازرگانی و تجاری و جریمه نقدی ۱۲۲ میلیون و ۸۴۰ هزار و ۲۰۰ دلاری محکوم کرد.

محمود هاشمی شاهرودی رئیس قوه قضاییه در ۱۲ اسفند ۱۳۸۵ رئیس مجتمع ویژه جرائم اقتصادی و چند تن دیگر از مقامات مسئول در پرونده شهرام جزایری از جمله رئیس زندان اوین را برکنار کرد. پس از بیان حدس‌ها و احتمالات گوناگون و رسیدن خبرهای ضد و نقیض از دیده شدن شهرام جزایری در دبی، طبس و مناطق دیگر جهان، در تاریخ ۲۷ اسفند ۱۳۸۵ مقامات اطلاعاتی ایران اعلام کردند موفق شده‌اند وی را در روستایی در کشور عمان دستگیر کنند. در روز ۲۸ اسفند به ایران بازگردانده شد.

شهرام جزایری صبح جمعه، ۱۱ مهر ۱۳۹۴ پس از گذراندن ۱۳ سال حبس در سن ۴۳ سالگی از زندان آزاد شد.

جزایری در خصوص دوران محکومیتش، اینگونه اظهارنظر می‌کند:«حقیقتاً من در طول مدت حبس و زندان به مدت ۱۳ سال، آنقدر فشارهای سنگین داشتم که درحقیقت، هر لحظه اعدام می‌شدم و دوباره زنده می‌شدم تا زجر و سختی را مجدداً متحمل شوم. اگر به گذشته باز می‌گشتم و حق انتخاب میان حکم اعدام و حبس ۱۳ ساله را داشتم، اعدام را انتخاب می‌کردم.» وی همچنین اعلام کرد که به زودی به فعالیت‌های اقتصادی بازخواهد گشت.