اين اختلاف در اسفند 1305 و در دوره ششم مجلس نيز ادامه داشت و به کشمکش ميان او و نمايندگان دولت منتهي شد اما سؤال اين است که چرا مصدق با راه‌آهن مخالف بود. بر‌اساس اسناد به‌جاي‌مانده و خاطرات دکتر، او دو ايراد اساسي به خط‌آهن سراسري وارد مي‌دانست و مبناي مخالفت او همين دو اصل بود؛ اول اينکه انتخاب مسير بندر محمره (خرمشهر) به بندر جز (گز) به نظر او درست نبود و اين مسير بيشتر جنبه نظامي داشت تا حمل بار و مسافر. دليل دوم او نيز محل تأمين بودجه ساخت راه‌آهن از ماليات بر قند، شکر و چاي بود. در کتابي که بعدها به کوشش ايرج افشار منتشر شد، از زبان دکتر مصدق مبناي اين مخالفت بيان شده است: 

و اما درباره راه‌آهن: «مدت سه سال يعني از سال 1304 تا 1306 هر وقت درباره اين راه در مجلس صحبتي مي‌شد يا لايحه‌اي جزء دستور قرار مي‌گرفت، من با آن مخالفت کرده‌ام، زیرا خط خرمشهر ـ بندرشاه، خطي است کاملا سوق‌الجيشي و در يکي از جلسات حتي خود را براي هر پيشامدي حاضر کرده، گفتم هرکس به اين لايحه رأي بدهد، خيانتي است که به وطن خود نموده است که اين بيان در وکلاي فرمايشي تأثير ننمود، شاه را هم عصباني کرد و مجلس لايحه دولت را تصويب نمود و در بادي‌امر، نظرياتم اين بود راه‌آهني که ترانزيت بين‌المللي ندارد، نه فقط در ايران بلکه در بسياري از ممالک ديگر که عده ساکنين آن کم است و اجتماع فشرده ندارند، مفيد نيست و احتياجات کشور را مي‌توان به وسيله سرويس‌هاي منظم باربري تأمين کرد. چنانکه هم‌اکنون در نقاطي که راه‌آهن نيست اين کار مي‌شود و از فقدان اين راه کسي عدم رضايت ندارد. 

مدرک من در آن وقت گزارشي بود که اداره کل طرق و شوارع نسبت به درآمد سه ساله راه‌آهن آذربايجان به مقامات مافوق خود داده بود که در سه سال از اين راه بعد از وضع مخارج در حدود 33 هزار تومان عايد دولت شده بود، به اين قرار: 

سال1300: 20683تومان
سال 1301: 4583 تومان
سال 1302: 7806تومان
جمع عوائد سه سال: 33072تومان

از تحقيقاتي هم که بعد راجع به اين خط نمودم، به اين نتيجه رسيدم که طول آن 30 فرسنگ و در هر فرسنگ در حدود 300هزارتومان به نرخ روز خرج شده است و جمع کل مخارج به 9 ميليون تومان بالغ شده بود که از قرار سودي صدي ده، مي‌بايست در ظرف سه سال، 270 هزار تومان داده باشد که چهار درصد براي سود سرمايه و 6 درصد ديگر به مصرف مخارج اداري و استهلاک رسيده باشد، در صورتي که مجموع عوائد سه سال، 33 هزار تومان بود، به شرحي که گذشت.»